Для обеспечения медицинского обслуживания учащихся, студентов и сотрудников КазГАСА за счет внебюджетных средств функционируют Медицинский центр в студенческом городке площадью 650 кв.м. и Здравпункт в главном учебном корпусе академии площадью 72 кв.м.

В Медицинском центре имеются стоматологический, процедурный, терапевтический и др. кабинеты, которые оснащены необходимым оборудованием и медицинскими приборами. Медицинским центром КазГАСА реализовываются программы Министерства здравоохранения, студенческой поликлиники и УСЭН Бостандыкского района г. Алматы по сохранению здоровья студентов и учащихся КазГАСА, включая бесплатный комплексный медицинский осмотр студентов и учащихся. Учащимся, имеющим отклонения в здоровье, состоящих на диспансерном учете, оказывается бесплатное лечение и материальная помощь.